Братський Богоявленський монастир і Київська Академія — це комплекс споруд, зведених у XVII–ХХ ст. Монастир засновано Київським братством — релігійно-просвітницькою організацією православного міського населення, створеною на початку XVII ст. Навколо братства об'єдналися представники різних верств населення — ремісників, купецтва, духівництва та козацтва, які намагалися протистояти католицькій експансії в умовах входження України до складу Речі Посполитої.

Початок монастирю та школи при ньому було покладено 1615 р., коли киянка Гальшка (Лизавета) Гулевичівна, дружина мозирського маршалка Степана Лозки, подарувала братству свою садибу на Подолі з умовою будівництва на ній монастиря, шпиталю, притулку для прочан, школи для дітей міщан, шляхти і сиріт. 1620 р. до братства вступив гетьман Петро Конашевич-Сагайдачний разом з усім Кошем Війська Запорозького, забезпечивши тим самим політичну, воєнну та матеріальну допомогу осередку національного відродження, на який перетворився Братський монастир.

Безпосередню участь в організації Київської братської школи брали члени братства відомі вчені освітянського осередку Києво-Печерської лаври на чолі з архімандритом Є. Плетенецьким. Першими її ректорами були І. Борецький, М. Смотрицький, К. Сакович.

Братська школа була відкрита для всіх бажаючих. Заможні батьки платили за навчання дітей, бідняки й сироти утримувалися за рахунок братства й жили у парафіяльних церковних приміщеннях на Подолі та академічних гуртожитках — бурсі. Наставниками й учителями були ченці та світські особи.

1632 р. Братську школу за згодою козацького старшого І. Петржицького об'єднано з Лаврською, заснованою 1631 р. архімандритом Києво-Печерського монастиря, видатним просвітником і вченим Петром Могилою (з 1632 р. — митрополит Київський і Галицький).

Навчальний заклад отримав назву колегіуму — так у Західній Європі називали школи нового типу, а після смерті свого фундатора й опікуна, який заповів йому більшу частину своєї маєтності (хутір Позняки, будинки у Києві, великі кошти та цінності, зокрема й велику бібліотеку — понад 2 тис. книг), став іменуватися Києво-Могилянським.

Колегіум діяв на території монастиря і під наглядом братства. Очолював його ректор, який одночасно був ігуменом монастиря, а також професором богослов’я і префектом. Вони підлягали безпосередньо митрополиту.

Після тимчасового занепаду в часи Руїни у середині XVII ст. колегіум досяг розквіту за доби гетьманування Івана Мазепи, який опікувався його справами, пожертвував значні кошти на підтримку та розвиток навчального процесу, розширення та будівництво нових споруд монастиря й навчального закладу.

1694 і 1701 р. колегіуму було царськими грамотами надано статус та юридичні права Академії.

Протягом ХVII–ХVIII ст. Києво-Могилянська академія відігравала роль центру інтелектуального життя та духовного єднання українського народу. В її стінах було закладено підґрунтя новітньої української науки, із нею пов'язано становлення національної поетичної школи, розвиток образотворчого мистецтва, архітектури, музики, виникнення театру. Упродовж двох століть Академія була визначним центром підготовки освітньо-педагогічних і наукових кадрів, політичних, церковних і громадських діячів.

1817 р. Києво-Могилянську академію було закрито, а натомість, у тому ж році в її приміщенні відкрито духовну семінарію, реорганізовану 1819 р. у Київську духовну академію, яка проіснувала до 1920 р. У 1930-х рр. був ліквідований і Братський монастир, а споруди комплексу передано державній промисловій артілі. Тривалий час тут розміщувались 15-та клінічна лікарня, філія Центральної наукової бібліотеки, Київське вище політичне військово-морське училище.

19 вересня 1991 р. рішенням Верховної Ради України відновлено діяльність Києво-Могилянської академії на її території як незалежного навчального закладу. У серпні 1992 р. відбулося урочисте відкриття Національного університету «Києво-Могилянська академія».