Над ансамблем Дальніх печер височить багатобанна Різдво-Богородицька церква. Її побудували 1696 р. коштом полковника К. Мокієвського, родича матері І. Мазепи, на місці однойменного дерев’яного храму. Даних щодо сюжетів початкових розписів храмового інтер’єру не збереглося, є тільки згадка, що живописні роботи були здійснені 1752 р.

Перший іконостас був встановлений в храмі у 1752 р. У 1784 р. його замінили новим дерев’яним у стилі рококо. Царські ворота для нього викарбував зі срібла майстер Г. Чижевський. Він же у 1785–1787 рр. виконав мідні позолочені шати для престолу та жертовника. У 1817 р. майстер А. П. Волков відремонтував церкву, а київський художник І. Квятковський розписав храм заново. В ті часи за проектом О. Якушкіна було споруджено галерею біля церкви Різдва Богородиці у вигляді відкритої аркади. У її середній частині розташована триярусна квадратна башта із дерев’яними сходами, якими можна піднятися до північного порталу церкви. Дах сходової башти має шатрову форму. Задня стіна галереї, що одночасно виконує й підпірну функцію, завершується балюстрадою, що оточує верхню терасу. У 1846 р. галерею перебудували і вона отримала нове функціональне призначення як келійний корпус. Але під час реставрації 70-х рр. ХХ ст. їй повернули первісний вигляд.

За розмірами Різдво-Богородицький храм невеликий (21 × 16,8 м) одноярусний, заввишки 28 м. В основу його планово-просторової організації покладено звичайний тридільний триверхий храм, який на сході завершується напівкруглою вівтарною абсидою. Але майстер ускладнив його архітектурні форми, додавши обіч нави чотири наріжних каплиці з глухими ліхтариками й маківками. Отже, храм завершується сімома банями, три з яких розташовані по центру, інші – на чотирьох бокових виступах. Розташовані уступами, бані утворюють незвичну пірамідальну композицію. Храм ніби виростає із пагорба. У 1970 р. ця пам’ятка української архітектури ХVІІ ст. була повністю відреставрована за проектом архітектора І. Макушенка. Внаслідок реставраційних робіт відкрито чудовий портал головного фасаду, а також бокові двері та декілька люкарн у прибудовах. На початку 1990-х рр. церква заново була розписана сучасними художниками.