Церква Миколи Чудотворця Набережного або Набережно-Микільська церква вперше згадується в описі київського замку у другій половині XVI ст. Вона стояла на березі річки Почайни. У 1677 р. церква згоріла та була відбудована коштом київського війта Ждана Федоровича. У 1772–1775 рр. на місці дерев'яної церкви збудували кам’яну. Автором проекту був відомий український архітектор І. Григорович-Барський. Зодчий скористався композицією, створеною його вчителем А. Квасовим у церкві садиби Розумовських в селі Лемеші, але надав споруді самобутніх рис. Церква — пізній твір українського бароко, вже з певними ознаками класицизму, а перебудована після пожежі 1811 р. баня привнесла ще й візантійські риси. У пожежі повністю загинув інтер’єр XVIII ст. Новий стінопис виконав у 1837 р. художник Синельник. У 1970-80-х рр. відбулася реставрація настінного живопису. У 1861–1863 рр., за проектом М. Іконникова, дерев’яну дзвіницю замінили шатровою дзвіницею з теплою церквою Благовіщення у російсько-московському стилі.

Церква носить ім'я св. Миколи, а для визначеності (Микільських церков у Києві багато) її іменують церквою Миколи Набережного. Цей храм — перший оплот Української автокефальної православної церкви. Особливий інтерес у цьому сенсі має дзвіниця із розписами першої половини ХХ ст. У цій церкві зберігалися списки киян-автокефалів, серед них були нащадки шляхетного роду Милорадовичів (на ці списки полювало НКВС, але їх так і не видали). Церква функціонувала до 1938 р. Під час німецької окупації храм поновив відправи, по війні був знов закритий, використовувався як склад кіноплівок та концертний зал. У 1992 р. тут відновилися богослужіння. Деякий час церква виконувала функції кафедрального храму Української автокефальної православної церкви, зараз належить до Православної Церкви України.

Неподалік церкви Миколи Набережного встановлено пам'ятний знак «Тим, що поклали життя на вівтар України» у вигляді гранітного хреста. Знак присвячено жертвам національно-визвольних змагань, голодомору, політичних репресій.