Ансамбль будівель Іллінської церкви розташований на розі вулиць Почайнинської (№ 2) та Набережно-Хрещатицької і є важливим архітектурним акцентом у забудові Подолу та композиційною домінантою набережної Дніпра. Складається з церкви св. Іллі, дзвіниці, корпусу малої бурси, будинку притчу і брами з огорожею. Територія ансамблю формує неправильний багатокутник.

Церква святого Іллі Пророка була одним із найдавніших християнських храмів Києва та Русі. За літописом, на місці нинішньої Іллінської церкви ще в роки правління князі Ігоря (тобто до офіційного прийняття християнства) стояв дерев'яний храм. З приводу укладення мирної угоди із Візантією 944 р. частину сподвижників князя Ігоря Рюриковича, а саме «християн-русів водили присягати в церкву святого Іллі ... над ручаєм». «Ручаєм», очевидно, названо неіснуючу нині річку Почайну.

У XVII ст. на місці існуючої пам'ятки стояла дерев'яна церква. 1692 р. замість неї коштом київського міщанина Петра Гудими було споруджено муровану церкву, яка 1718 р. сильно постраждала від пожежі й 1755 р. була відновлена полковим осавулом Павлом Гудимою. Ймовірно тоді ж до неї з півночі було прибудовано теплий приділ св. Іоанна Хрестителя. У першій половині XIX ст. до церкви з півдня й заходу прибудовано невеликі приділи.

Композиція плану церкви аналогічна українським тридільним дерев'яним церквам і складається з бабинця, нави та вівтаря.

Оформлення інтер'єру Іллінської церкви припадає на початок XIX ст. і пов'язане з перебудовою храму після пожежі 1811 р. Сучасний стан внутрішнього простору храму після останньої реставрації кінця 1950-х рр. відповідає традиціям академічної школи, близьким до зразків храмового живопису першої половини XIX ст. Під ним у 1957 р. виявлено фрагмент розпису XVII ст.

У південно-західному куті церковної садиби стоїть двоярусна, мурована, квадратна у плані дзвіниця (початок XVIII ст.). з наметовим верхом московського типу.

У другій половині XVIII ст. із північно-східної сторони до дзвіниці добудовано одноповерховий мурований корпус «малої бурси», де жили студенти Києво-Могилянської академії (тепер хрещальня).

З південного боку подвір'я обмежує огорожа з брамою, що являють собою один з найкращих зразків малих архітектурних форм, гармонійно пов'язаних із ансамблем церкви. До візерунка воріт включено літери «Й» та «П», що означає «Ілля Пророк».

Органічною складовою ансамблю Іллінської церкви є одноповерхова мурована проскурня, що складається з анфілади приміщень. Вона має велику містобудівну цінність, оскільки фіксує напрямок стародавньої вулиці Подолу і тепер використовується церковною громадою як проскурня.

Одноповерхові цегляні крамниці, що використовувались як прибуткові торговельні й складські приміщення, які належали Іллінській церкві. Крамниці зводились у дві черги (1862 і 1876 р.). Тепер зайняті фабрикою художньої галантереї. До них зроблено невиразні прибудови з тилу й по червоній лінії Набережно-Хрещатицької вулиці.

На початку 1930-х рр. церкву закрито й перетворено на склад Заготзерна. Служби поновилися під час окупації. У 1954 р. відновлено верх дзвіниці, пошкоджений під час війни. У 1970-х рр. дзвіницю і бурсу реставровано.